Идея снимать фильм про Ивана Грозного исходила от Сталина и была предложена Эйзенштейну Ждановым еще в январе 1941 года. По воспоминаниям Всеволода Вишневского, Эйзенштейн собирался снимать фильм о деле Бейлиса, но Сталин передал через Жданова, что «темы, подрывающие самодержавие, сейчас не нужны», и вместо этого режиссеру предложили подумать над образом Ивана Грозного. Предложение отражало масштабный проект по реабилитации первого русского царя. Тогда же в «Правде» были опубликованы «Хронологические выписки по истории России» Карла Маркса, в комментариях к которым был очерчен новый подход к эпохе царствования Ивана Грозного. Отныне в его внешней политике следовало видеть стремление превратить Россию из национального государства в многонациональное и укрепить связи с Европой и Азией, а во внутренней — борьбу с феодальной раздробленностью и создание единого сильного государства. Иван Грозный предлагался как новый образец государственного лидера, и на его популяризацию были брошены лучшие силы. Уже в марте 1941 года было объявлено, что Алексей Толстой работает над пьесой, в апреле — что Эйзенштейн изучает материалы для съемок фильма, в мае — что Большой театр готовится поставить оперу про Ивана Грозного по либретто Осипа Брика. 19 марта в «Известиях» была опубликована статья Валентина Костылева, уже выпустившего первый роман из трилогии «Иван Грозный». Костылев обвинял Карамзина и либеральных историков в том, что они слишком доверяли свидетельствам иностранцев, изгнанных царем «либо за бесполезность, либо за шпионство», и потому неправильно трактовали царствование Ивана Грозного. Сам он рисовал его искуснейшим дипломатом, прекрасным полководцем и всенародно любимым царем, но главное — предлагал новый взгляд на Ливонскую войну, в котором без труда прочитывались аллюзии на актуальную геополитическую обстановку. Рассматривая Ливонскую войну как возвращение России ее земель, рассказывая о радостной встрече русских войск толпами латышей, эстов, ливов и финнов, о законном желании немецких купцов составить Англии конкуренцию в торговле с Россией и о подлой политике Польши, Костылев превращал события XVI века в прообраз присоединения Прибалтики, раздела Польши и пакта Молотова — Риббентропа. Та же попытка использовать правление Ивана Грозного для исторической легитимации внешней и внутренней политики СССР 1930-х годов лежала в основе других исторических книг, выпущенных в этот период: от «Истории дипломатии» под редакцией Владимира Потемкина до сочинений Сергея Бахрушина, Роберта Виппера и Ивана Смирнова.
Подход Сергея Эйзенштейна к эпохе Ивана Грозного мало чем выделялся на общем фоне. В январе 1941 года, выступая на конференции «Мосфильма», он говорил о том, как исказили образ Ивана Грозного дворянские историки. В феврале этот тезис был развернут режиссером во вгиковской лекции, а в конце апреля — в статье в «Известиях». Эйзенштейн критиковал историков, видевших в правлении Ивана Грозного исключительно темную сторону, и обвинял в засилье такого взгляда «пригретых Москвой чужеземных агентов», искажавших суть политики России и создавших миф о бессмысленной жестокости царя. Сам он видел Ивана Грозного мудрым и прозорливым политиком, опередившим свое время, бояр — потенциальными предателями, готовыми открыть врагу границы, опричников — новым классом и подлинной опорой царя. Свою трактовку образа Ивана Грозного Эйзенштейн открыто излагал со страниц одной из центральных газет, и эта трактовка не вызывала вопросов у советского руководства. Более того, после начала войны Эйзенштейн проявил политическую сознательность и в сентябре 1941 года сообщил председателю Комитета по делам кинематографии при Совнаркоме СССР Ивану Большакову, что занимается обработкой сценарного материала применительно к условиям военного времени. Война с Германией требовала переноса акцентов. 11 февраля 1942 года Эйзенштейн направил Жданову предварительный вариант сценария, обозначив то, что, на его взгляд, еще следовало поправить: отчетливее обозначить реформаторскую деятельность Ивана, нагляднее подчеркнуть положительную роль опричнины, смягчить линию одиночества, ослабить самостоятельность Польши и заострить антинемецкую линию, ввести мотивы англофильства Грозного, показать героическую оборону городов. В сопроводительном письме Жданову Эйзенштейн интересовался, нужна ли тема «взаимодействия с Англией», и ждал дальнейших указаний. Ответ поступил в мае 1942 года: общая историческая концепция была признана верной. Летом Эйзенштейн закончил режиссерский сценарий — далее он был отослан руководству и рецензентам. В сентябре Большаков прислал новый список правок: тему взаимодействия с Англией следовало убрать («История взятия ливонских городов говорит о том, что они пали бесславно только благодаря смелому натиску русских»), роль народных масс увеличить, колебания в отношениях с духовенством сократить, а мотив одиночества царя ослабить. В сентябре 1943 года сценарий был одобрен лично Сталиным, который написал Большакову: «Сценарий получился неплохой. Т. Эйзенштейн справился с задачей. Иван Грозный как прогрессивная сила своего времени и опричнина как его целесообразный инструмент вышли не плохо. Следовало бы поскорее пустить в дело сценарий». Вдохновленный Эйзенштейн опубликовал сценарий сначала в осеннем номере «Нового мира», а затем — отдельным изданием. Спустя всего три года мнение Сталина сменилось на противоположное: выступая на Оргбюро в августе 1946-го, он заявил, что во второй серии Эйзенштейн совершенно отвлекся от истории и «не понял того, что войска опричнины были прогрессивными войсками». Что же произошло?
Один из распространенных ответов на этот вопрос состоит в том, что фильм оказался выразительнее сценария. Как отмечал Евгений Добренко, Эйзенштейн при помощи языка кино превратил прогрессивную диктатуру в «настоящий шабаш инфернальных сил». Бернд Уленбрух и вовсе рассматривал «Ивана Грозного» как акт сопротивления режиссера, который, вместо того чтобы в жанре исторической аллегории воспеть Сталина, снял пародию, развенчав культ Грозного, а вместе с ним и Сталина. Выступления и дневниковые записи Эйзенштейна, однако, не дают оснований подозревать его в подрывных умыслах. В упомянутом выше выступлении на «Мосфильме», заявляя о том, что он берет тему Грозного на себя, Эйзенштейн делился с коллегами рекомендациями Жданова: тематика всех советских фильмов — от современных до исторических — должна быть проникнута «одной мыслью о том, что мы должны строить крепкое государство, сильное внутри и сильное и грозное для окружающих нас со всех сторон». В том же 1941 году после посещения совещания работников кинематографии в ЦК Эйзенштейн записал в дневнике, какое сильное впечатление произвели на него слова Жданова о том, что выпуск каждого фильма является важнейшим общественно-политическим событием. Хотя кино как таковое интересовало Эйзенштейна больше политики, к последней он относился со всей ответственностью, что проявилось и в подходе к «Ивану Грозному». Фильм планировалось снять к 25-летию советской власти, и Эйзенштейн описывал логику, стоящую за таким выбором темы: «Нам, прогрессивному авангарду человечества, близко все передовое и прогрессивное в истории человечества в целом, но наиболее дороги и близки нам те, кто на протяжении столетий трудился над созданием государства, которое мы ныне благоговейно именуем социалистической родиной». В сценарии близость двух эпох была явлена с еще большей наглядностью.
«Иван Грозный» создавался как тотальная аллегория: все события и персонажи XVI века проецировались в фильме на советскую историю. Фильм одновременно предлагал и правильное прочтение царствования Ивана Грозного, и правильное прочтение истории СССР. Венчание молодого Ивана на царство воплощало революцию и рождение нового государства: заявления иностранных послов о том, что Европа не признает нового царя, отражали шаткость международного положения осуществившей революцию страны, а слова «Сильным будет — признает» обозначали политическое кредо Сталина, ретроспективно перенесенное на всю советскую историю. Взятие Казани было проекцией Гражданской войны — утверждением суверенитета и отстаиванием территориальной целостности. Для наглядности этот эпизод сопровождался конфликтом между Грозным и Курбским, отражавшим знаменитый конфликт между Сталиным и Троцким при обороне Царицына. Курбский играл в фильме Троцкого — всегда второго, а потому полного зависти князя, в итоге предающего царя. Опричники были новыми советскими людьми — готовые отречься от отцов ради новой власти, они воплощали приоритет преданности над происхождением в структуре советского строя. Болезнь Грозного символически замещала смерть Ленина и последующую конкуренцию за власть, новый Грозный-Сталин принимал власть не в результате дворцовых интриг, а непосредственно из рук народа, снимая вопрос о том, что советский строй был навязан народу силой и не пользовался его поддержкой. Первая серия завершалась убийством жены Грозного, в котором без труда прочитывались намеки на смерть жены Сталина. Последующее действие было посвящено раскрытию боярского заговора, целью которого было устранение Грозного и возведение на престол другого царя. Ключевым антагонистом царя после бегства Курбского выступал другой его ближайший друг — митрополит Филипп, в образе которого угадывались черты Николая Бухарина: он корил Грозного за слишком жестокие меры и призывал вернуться к старым порядкам. Необходимость раскрытия заговора, а следовательно, и необходимость массовых казней объяснялись Грозным опасениями не за свою судьбу, а за судьбу государства: «За себя не страшно — страшно за дело великое, молодое, начатое». Только расправа с внутренними врагами могла обеспечить России способность противостоять внешним врагам — Польше и Ливонскому ордену, подобно тому как репрессии 1930-х годов призваны были подготовить СССР к противостоянию с фашизмом, избавив от изменников, предателей и шпионов. То, что под Польшей подразумевалась гитлеровская Германия, становилось понятно в начале второй серии, когда польский король Сигизмунд заявлял, что русские годятся лишь в батраки. Прозрачность этих параллелей была сознательным приемом: как отмечал сам Эйзенштейн, «все кругом должны быть узнаны, я не буду уходить в глубь веков, чтобы оттуда вытаскивать те или иные фигуры, я, напротив, возьмусь за современников и буду их тащить в глубь веков». Этот прием распространялся не только на политику (в числе современников, которых Эйзенштейн «тащил в глубь веков», были и его коллеги, друзья и учителя), но политика занимала здесь важное место.
В подготовленном Эйзенштейном сценарии было две серии: в первой Грозный брал Казань, его предавал Курбский, умирала жена Грозного, а сам он удалялся в Александровскую слободу; во второй серии раскрывался боярский заговор, Грозного предавали митрополит Филипп и два поколения опричников (Басманов-старший и Басманов-младший), но в финале Грозный одерживал победу в боях с Ливонским орденом, выходил к Балтийскому морю и весь мир признавал в бывшем московском варваре законного царя. Композиция не казалась идеальной уже на этапе сценария: рецензировавший его Виктор Шкловский отмечал, что «средняя часть» слишком «интрижна», что пир опричников не нужен, и вообще — слишком много убийств. Для Эйзенштейна, однако, интриги и убийства были принципиальны: в проекции на советскую историю они призваны были доказать необходимость репрессий 1930-х годов. Апология опричнины как инструмента противостояния боярам, стремившимся установить собственную власть, занимала важное место в реабилитации Ивана Грозного.
По-видимому, и сам интерес советского руководства к фигуре Ивана Грозного в начале 1940-х годов был обусловлен необходимостью оправдать не только присоединение Прибалтики, но и массовые репрессии: сравнение Сталина с Иваном Грозным стало распространенной на Западе реакцией на Большой террор и показательные расправы Сталина над бывшими сподвижниками и единомышленниками. Реабилитация Ивана Грозного была попыткой обезоружить западных критиков, и Эйзенштейн включился в этот диалог со всем энтузиазмом. В сценарии он последовательно отвечал на все наиболее распространенные на Западе инвективы в адрес Сталина и СССР: и на то, что советский режим насильно навязан народу, и на то, что Сталин предал дело революции и потому изгнал Троцкого, и на то, что процессы над партийными деятелями и старыми революционерами были фальсифицированы, а массовые репрессии были следствием паранойи Сталина, и на то, что он сам убил свою жену. Не отрицая, а утверждая сравнение Сталина с Грозным, Эйзенштейн превращал критику советской власти в источник ее легитимации. Аналогичные попытки предпринимались и другими деятелями искусств (параллель между Курбским и Троцким появлялась, например, в пьесе Алексея Толстого), но только Эйзенштейну удалось осуществить полномасштабное наложение советской истории на эпоху Ивана Грозного, одновременно развенчав критику Сталина и утвердив Грозного как основоположника русской государственности. «Интрижная» часть фильма играла в этой проекции центральную роль: именно в ней раскрывалась внутренняя угроза, ответом на которую были массовые расправы, и именно в ней в ответ на публичные обвинения в жестокости со стороны митрополита Филиппа Грозный произносил: «Отныне буду таким, каким меня нарицаете. Грозным буду», — символически отвечая критикам Сталина. Расправа над внутренними врагами была ядром всего фильма — она требовалась для сохранения того, что было достигнуто Грозным в первой части, и для противостояния внешним врагам, которое ждало его впереди.